Cơ quan nội chính Hoàng gia có thể truy nguyên từ thị thần của Thiên hoàng. Theo Nhật Bản Thư Kỷ (日本書紀) thì năm Bạch Phụng thứ 9 (năm 680 CN) đã có chức Cung nội Khanh, Cung nội Quan Đại Phu. Năm Chu Điểu nguyên niên (năm 686 CN) phần Thiên Vũ Thiên Hoàng có ghi lại hoạt động của cơ quan Cung nội sự. Đến năm Thái Bảo nguyên niên (năm 701 CN) lập quan chế Thái Bảo Lệnh, lập tám tỉnh (tương đương lục bộ ở Việt Nam) trong đó có Cung nội Tỉnh.

Sau Minh Trị Duy Tân, 1869 (Minh Trị thứ 2), Cung nội Sảnh cũ được cải tổ theo thể chế mới, do một Cung nội Khanh đứng đầu. Năm 1885, thành lập Nội Các, Cung nội Khanh trở thành Cung nội Đại Thần, nhận 1 ghế Nội Các. Năm 1886, Cung nội sảnh tái tổ chứ thành 2 khóa, 5 chức, 6 liêu và 4 cục. Năm 1908 cải tổ theo Hoàng thất Lệnh, Cung nội Đại Thần trở lại làm cố vấn cho Thiên Hoàng trong các bấn đề liên quan đến Hoàng gia.

Đến năm 1945, trước khi chiến tranh kết thúc, Cung nội Tỉnh phát triển thành 1 văn phòng, 2 chức, 8 liêu và 2 cục cộng thêm Văn phòng Nội Đại Thần, Chưởng điển Chức, Sở ngự nhạc, Bảo tàng Hoàng gia, Cục viên lâm Hoàng gia, Học Tập Viện 13 ngoại cục khác và Văn phòng Kyoto, với khoảng 6200 nhân viên. Sau khi ban bố Hiến pháp 1947, Cung nội Sảnh giáng xuống thành Cung nội Phủ, trực thuộc quyền Thủ tướng. Cung nội Phủ giảm còn 1 văn phòng, 3 chức 4 liêu và Văn phòng Kyoto với khoảng 1500 nhân viên tại nhiệm.[2]

Năm 1949, Luật tổ chức Nội Các được thi hành, theo đó Cung nội Phủ trở thành Cung nội sảnh, là một ngoại cục của Văn phòng Thủ tướng, dưới quyền Cung nội Sảnh trưởng quan và thứ quan, gồm 1 văn phòng, 3 chức và 2 bộ thêm Văn phòng Kyoto. Sau đợt cải tổ chính phủ trung ương năm 2001, Cung nội Sảnh chuyển sang thuộc quyền Văn phòng Nội Các, nhưng cơ cấu bên trong không thay đổi.